刀剣ブームを巻き起こした育成シミュレーションゲーム「刀剣乱舞 ONLINE」を原案に、刀剣男士たちの朗らかな日常を描いた人気アニメ「刀剣乱舞　花丸」の劇場版3部作の第1作。刀剣男士の大和守安定と加州清光は、自分が名刀・山姥切の本歌であるという山姥切長義が本丸に配属されてきた時のことを思い出していた。長義は自身の写しである山姥切国広に対して挑発的な態度を取り、国広はそんな長義に複雑な思いを抱えていた。彼らの気持ちを汲み取って仲間を支えようとする清光に、安定はある提案をする。一方、坂本龍馬の佩刀・陸奥守吉行ら5振の刀剣男士は、歴史を改変されたまま放棄されている世界・文久3年の土佐へ向かう。彼らは先行して調査していた肥前忠広と南海太郎朝尊に合流し、歴史改変の首謀者を討つべく奔走する。